Din ce am citit eu in
http://download.pureftpd.org/pub/pure-ftpd/doc/README pentru virtual servers oricum trebuie sa faci symlinkuri si chestii dastea, deci oricum nu ar fi de ajuns baza de date mysql, ci ar mai trebui un script care sa creeze symlinkurile respective. Si din ce-am vazut, pentru mysql are variabile predefinite pentru uid, gid, director, quota, etc. deci nu stiu daca se poate costumiza ceva.
Incearca sa citesti pe la proftpd, ala e mai urat, dar parca ar fi ceva mai flexibil din punctul asta de vedere.